La planimetria della Cripta, di derivazione orientale, è a tre navate, concluse da absidi a profilo curvo. quattro pilastri dividono la l’aula in nove campate, ma di essi solo due sono ancora presenti mentre degli altri, crollati, rimangono solo i basamenti.
L’asse della chiesa-cripta è Sud-Est / Nord-Ovest, con con absidi a Sud-Est; l’ingresso originale, posto lateralmente sulla parete Nord-Ovest, è oggi ostruito; questa zona mostra segni di numerose trasformazioni e l’ingresso “in origine (era) forse preceduto da un dromos concluso da una sorta di pseudoprotilo come in S. Barbara di Matera”.
L’invaso è nettamente diviso in Naos e Bema da un’iconostasi litoide in parte diruta, in cui si aprono tre stretti passaggi che permettevano la comunicazione tra le due zone. Queste non sono in asse, l’andamento è spezzato; compiuto lo scavo della parte anteriore, ci si dovette accorgere del non perfetto orientamento liturgico delle absidi, che sarebbero risultate rivolte quasi a Sud e si tentò di correggere la disposizione iniziale volgendo la seconda parte della cappella con le absidi più ad oriente, pur senza eccedere nel mutamento di direzione, che, qualora fosse stato più brusco avrebbe irrimediabilmente compromesso il bel risultato architettonico.